那么要不要取代李宗仁成為新桂系的最高領導人呢?白崇禧沒有這么做，因為他心里明白，自己不擅長于政治，與其爭著成為政治領袖，不如借著李的威望專心發展軍隊，由此開始了李、白合作的蜜月期。需要指出的是，上世紀三十年代中國軍人對戰爭的理解，大部分仍停留在一戰時期的陣地戰模式中，這使國軍在抗戰之初，不能適應新的戰爭模式，導致大量傷亡。白崇禧對于桂軍的訓練同樣如此，導致桂軍在投入到上海戰場時接連發起無謂的密集沖鋒，遭日軍重創。桂軍在淞滬會戰中不僅損失了大量優秀軍官(旅長三名，團長四名)，也使其精銳盡喪，很長一段都沒恢復元氣。好在白崇禧經過這次教訓改變了戰爭觀，根據國軍的實際情況提出了新的游擊戰術，并主張“積小勝為大勝”，在很大程度上改變了之后的作戰模式。

抗戰的爆發，使新桂系重新歸屬到蔣介石麾下，白崇禧也被調到中央效力，先后出任大本營副參謀總長和軍訓部部長等要職。八年抗戰，白指揮過兩次較大的作戰，一次是代理第五戰區司令長官，調動大別山地區的桂軍積極出擊，策應武漢守軍。另一次是指揮桂南會戰，昆侖關的大捷，白也起到不小的作用。但是這兩次會戰，都以失敗告終，尤其是桂南會戰的失利，白負有不可推卸的責任。戰后，他受到了降級處分。有人說臺兒莊大捷白崇禧也有出力，這或許確有其事，但需要指出的是，臺兒莊戰役只是徐州會戰的一個組成部分，而徐州會戰的結果，同樣是失敗了。

桂軍參加抗戰之后，白崇禧主張對怯戰分子予以嚴懲，尤其是對一批作戰不力或臨陣脫逃的軍、師、旅、團長或撤職或槍決，這在很大程度上為桂軍的積極抗戰樹立了正面形象。然而到了抗戰后期，白崇禧也顯露出他私心的一面。比如在1944年的桂柳會戰中，他將本應承擔防守桂林的幾個與他有親信關系的師、團長調走，并抽出了精銳部隊以保存元氣，反調一個新兵師來承擔守城任務，這在很大程度上打擊了士氣。抗戰勝利之際，白崇禧甚至還違背蔣介石不讓桂軍進入南京受降的命令，暗中指示所屬第七軍一個師進城受降，給了蔣記中央一個難堪。

內戰中的桂軍，雖散布在華東、華中兩個戰場上，但鮮見硬仗，基本在打醬油。白崇禧有自己的算盤，他依然想保存實力。唯一的萊蕪戰役，還是因為部隊主官的異動，而未戰即敗。桂軍在基本沒有受到較大損失的情況下，度過了三年，而白也在1948年由國防部長調任華中“剿匪”總司令。

現在有不少人說白崇禧在擔任國防部長前夕曾前往東北指揮作戰，并在四平大敗林彪，白先勇《戰后國共東北之爭》一文中也指稱由于蔣沒有采信白崇禧乘勝追擊的建議，片面下停戰令，給了林彪喘息之機，方導致日后東北慘敗。筆者認為，此二說有待商榷。

我們知道，白崇禧前往東北之前的實際指揮者是東北保安司令長官杜聿明，前線指揮由副司令長官鄭洞國負責。根據史料記載，白崇禧是在5月17日奉命前往督戰的。這里的“督戰”是什么意思呢?從字面上理解就是親臨前線監督作戰，那么作為督戰官的白崇禧有權直接干涉指揮嗎?筆者目前還無法給出結論，不過鄭洞國《我的戎馬生涯》一書對白在東北有相當長篇幅的記述(423頁-424頁)：