在南海仲裁案中，菲律賓在訴狀中提出十幾項仲裁請求。其中，第一和第二項請求的目的是，提請仲裁庭裁斷中國在南海斷續線內的歷史性權利違反1982年《聯合國海洋法公約》(以下簡稱《公約》)，從而否定中國在南海權利的合法性。在整個仲裁程序中，菲律賓為此歪曲事實，臆斷中國的歷史性權利并錯誤解釋《公約》。

菲律賓罔顧基本的歷史事實，妄稱中國人民在歷史上沒有在南海活動，缺乏同南海的歷史聯系。然而，歷史不容否認。中國在南海的活動已有2000多年的歷史。中國最早發現、命名和開發經營南海諸島。中國歷代政府通過行政區域設置、軍事巡航、海難救助等方式，對南海諸島及其附近海域進行管轄。日本在第二次世界大戰中侵占中國西沙、南沙群島。二戰結束后，《開羅宣言》和《波茨坦公告》明確要求日本歸還竊取的中國領土。中國據此派軍政官員收復西沙、南沙群島并派兵駐守，恢復對南海諸島及其附近海域行使主權。

菲律賓割裂中國對南海諸島以及南海斷續線內海域的歷史性權利，妄斷中國對海域的歷史性權利是在《公約》產生27年后的2009年才新提出的主張。這是對中國在南海的歷史性權利的惡意解讀。中國政府無數次強調，中國在南海諸島及其海域的主權和相關權利是在長期的歷史過程中形成的，為歷屆中國政府長期堅持。1947年，中國政府經地理測量對南海諸島重新命名。1948年，中國政府在公開發行的官方地圖上標繪南海斷續線，重申和確認在南海的主權和相關權利。1949年10月1日以來，中國政府堅持并采取實際行動積極維護在南海的歷史性權利。

菲律賓為肢解中國歷史性權利，還妄稱中國對南海斷續線內海域的權利根據《公約》不具有法律效力。然而，在締約過程中，《公約》起草者恰恰考慮到，國家通過長期實踐而在一般國際法上取得的歷史性權利復雜多樣，《公約》不適宜對各種歷史性權利作出統一規定。歷史性權利作為《公約》未調整的事項，繼續受習慣國際法調整。中國在南海的主權和相關權利，是先于《公約》并且依據一般國際法形成的歷史性權利。《公約》不是評斷中國歷史性權利的法律效力的標準。仲裁庭也無權超越《公約》規定對基于習慣國際法的歷史性權利妄加斷言。

菲律賓在仲裁程序中大量援引有傾向性的學者觀點，虛構有關中國在南海的歷史性權利的政府立場和其他事實。學者發表的個人觀點豈可用于證明一國政府表達的法律立場!有傾向性的學者發表的觀點，就更不能成為一項事實的客觀證據。在任何公正且嚴肅的國際司法程序中，都不可能接受個人的學術論文作為案件事實的證據。同時，中國還有大量史料和國家檔案證明與菲律賓主張相反的事實。菲律賓此種對待仲裁程序的行為只是將南海仲裁案這場鬧劇演變得更加荒誕，并且損害了《公約》有關和平解決爭端的規定的權威性。

中國在南海的歷史性權利不因菲律賓歪曲事實而被否定。中國在南海的歷史性權利不因菲律賓濫用《公約》規定的仲裁程序而被減損。中國在南海的歷史性權利仍然繼續受一般國際法的調整，且始終受到《公約》的尊重。